Stop sida tiene una estructura democrática y participativa, que le otorga un carácter comunitario.
Stop sida se estructura en grupos de trabajo (comisiones) formados por voluntarios/as, que realizan una actividad específica y que toman las decisiones que afectan a esta actividad.
Para realizar su voluntariado han realizado un curso de formación específico ofrecido por la entidad.
Cada comisión tiene un técnico que da soporte para llevar a cabo las decisiones y un representante en el órgano de dirección de la entidad.
La junta directiva está compuesta por voluntarios elegidos anualmente en asamblea.
